Mortal Kombat 4 je prvý Mortal Kombat kompletne v 3D. Okrem čiastočne zmenenej hrateľnosti vďaka zmene perspektívy, prinieslo toto pokračovanie aj čiastočne interaktívnu arénu, kedy bolo možné po súperovi hádzať predmety pohodené v aréne. A predstavilo aj limitované používanie zbraní, ktoré bolo tiež možné po súperovi hodiť, rovnako ako si ich potom vziať.
Pred tisícami rokov, počas vojny so skazeným Starším bohom menom Shinnok, Raiden spôsobil záhubu jednej celej civilizácie. Aby sa to viac neopakovalo, a aby chránil ostatné ríše pred Shinnokovou hrozbou, Raiden vyhnal svojho rivala na temné miesto známe ako Netherealm, avšak cena za to nebola malá.
Niekoľko rokov pred Shaolinskym turnajom, pôvodný Sub-Zero asistoval čarodejovi a nekromancerovi Quan Chi-mu v získaní shinnokovho amuletu, ktorý má moc prekračovať všetky ríše (udalosti známe z Mortal Kombat Mythologies: Sub Zero). Po tom, čo Shao Khan opäť zlyhal pri získavaní Pozemskej ríše, Quan Chi sa spojil so Shinnokom a pomohol mu utiecť z jeho väzenia. Následne za jeho pomoci vyvraždili všetkých Starších bohov. Avšak Raidenovi a Fujinovi sa podarilo ujsť, aby zhromaždili najlepších pozemských bojovníkov na boj proti novému nepriateľovi. Tisícročný konflikt medzi Raidenom a Shinnokom sa opäť začal, ale tentoraz ho vybojujú smrteľníci....
Facebook